崇祯十六年十二月二十日，安置好日本的一切，任命耿仲明为日本右大臣，辅助兴子天皇处理政事，而青枫则是带着卞赛、卞敏、玉子，李岩等人返回了大明。在上海进了短暂的逗留后，便赶在新年之前回到了南京。

当青枫趁着战船返回南京的时候，南京大小官员、各界人士早早等在了江边，这是一次等待了许久的欢迎，从今天开始，南京不在是大明的南京，南京而是卓青枫的南京，是整个南直隶人的南京。

相对于南京的太平繁荣，北京的崇祯则是满面愁容，北京城一片萧索，除了达官贵人的家中还能传出歌舞声乐，普通百姓则是过着最难熬的一个年关。

自汝州、郏县之战后，孙传庭被李自成一日内追杀四百里，直撵孟津，明军四万余人战死，损失大量兵器辎重。至此，李自成如有天助，面对官军势如破竹。

崇祯十六年1643十月初三日，李自成进攻潼关。时孙传庭退保潼关。李自成军攻潼关，白广恩力战。高杰因宝丰之败，广恩先走不救，乃拥军不顾。广恩战败。李自成军破潼关。文恩奔至固原，高杰逃至延安。孙传庭登城固守，李自成军从山后绕至城前而战，城陷，孙传庭战死，夫人张氏率孙家二女三妾投井自杀，年仅八岁的幺子孙世宁被一老翁收养。

可是当陕西总督孙传庭战死的消息传到北京，崇祯皇帝却认为他诈死潜逃，不仅没有给予赠荫，反而大为申斥，着锦衣卫缇骑缉捕下狱。

潼关破后，西安无险可守。李自成自商、华逼进西安。巡抚冯师孔率军守城。主城守者王根子，与李自成军私通，射书于城下，开东门迎李自成军。十二日，城陷。

李自成以秦王存枢为权将军，永寿王存桑为制将军。布政史陆之祺、里居吏部郎中宋企郊、提学佥事鞏焴等俱降。李自成改西安为长安，称西京。发动民众修长安城，开驰道。并亲赴教场校射，明将白广恩、高汝利、左光先、梁甫等皆降。

十月二十日，李自成应顾君恩、老神仙尚炯、侯方域的建议，禁乡民短后衣，开启礼制。同时开始征粮，计划明年粮每石征一两三钱，今冬每石折草六千斤，输长安。各县遣骡三百，征粟千石，大其斗，劫掠天下富豪巨商以资军饷。

十一月十四日，李自成遣试郡县诸生以充官职，上等学子任六政府从事，次等学子任守令，又次等任佐贰。

李自成攻克西安后，据西安，分兵四出。宁夏镇兵迎战，杀李自成军数千，李自成军退。平凉闻李自成军至，韩王遂奔庆阳，官吏皆逃。李自成军至平凉城下，不战而克。李自成军复攻宁夏，总兵官抚民以城降。李自成军乃进逼庆阳。参议殷复兴集士兵守城久之，力不支，城破战死。

十一月初四，李自成攻克延安，延安副总兵解文英、县丞姚启崇死。李自成改延安府为天保府，米脂为天保县，清涧为天波府。既而，二十九月，李自成又攻克榆林。此时榆林无主帅，总兵王定从孙传庭出关，大败而旭，见李自成军来，乃率部逃走，众人乃推尤世威为主帅。尤世威与李自成军苦战七昼夜，城破。

十二月，李自成派遣前锋渡过黄河，进入山西，二十一日，攻陷平阳，杀西河王等三百余人，平阳总兵陈尚智降。于是山西州县先后溃，或望风请降，秦、晋之间皆被闯军所占有。

李自成军进逼甘州。巡抚佥都御史林日瑞，闻李自成军将至，急结西羌军严兵以待，而自率副将郭天吉等扼守诸河沿岸。时逢冬季，李自成军过河，直抵甘州城下。乘夜攻城，林日瑞等死，二十六日遂克其城。至此陕甘地区尽归闯军所有。