和汤米李琼斯的沟通倒是十分简单, 主要是他对剧本不满意。基于他自己的角度出发, 他非常不满随着三部曲的进行，他的戏份逐渐从第一男主角变成男配角，最后在第三部完全是由一个新人来出演年轻时代的k探员。
琼斯是个非常有眼光的演员, 他知道“黑衣人三部曲”势必在票房上有极高的收益，因此主演们的票房分红也会十分理想。他猜测第三集估计要到十年后才会开拍, 那个时候的他应该就是半退休状态了，如果不趁机在片酬上要多点的话, 那么自己为什么要参与这部“三部曲”的拍摄呢？
琼斯的担心也说服了杰德, 的确琼斯没必要为了一个不确定的未来搭进去自己已经不长的演员生命，所以杰德答应会为琼斯修改第二集和第三集的剧本，这才让琼斯答应签约演出《黑衣人。
两大男主角应承了之后, 其余的角色演员也陆续一一敲定。随着银河电影的逐步发展, 很多事情都已经不需要杰德去亲力亲为了。除了主角是杰德最后敲定之外，其他的角色全部委托给选角导演去完成了。银河电影的选角导演也是多年的老员工了, 非常熟悉公司内各大导演对演员的喜好, 所以基本上挑出来的演员也没多大的问题。
演员确定之后，便是法务部门的律师跟演员的经纪人或是演员工会签订合约，约定了工作时间、待遇和片酬。由于主演们是三部电影都要出现，所以合约的要求比较特别，但是也约定了给予票房分红予以补偿。因为这部电影的大部分镜头不是在摄影棚内完成就是在洛杉矶市区完成, 所以倒是没必要准备太多的房车。
但是房车的问题，杰德已经让银河电影去大量采购了，因为这在未来是用得上的。如果碰上《加勒比海盗或《哈利波特这样有大量外景的电影, 没有房车那对演员来说是非常痛苦的，同时对电影公司也是非常痛苦的。因为一旦有突然的天气变化，按照约定是必须将演员送到合适的避雨地方，如果没有房车那必然是送回酒店。可拍摄地点距离酒店一般都是非常远的，一来一去既浪费时间又耽误拍摄进度，还不如直接在外景地放上十几辆房车。横竖主要演员是足够的，群众演员则可以安排去大化妆间休息。
到了开拍的日子，大部分的演员都已经集中到零号摄影棚，反倒是隔壁的一号摄影棚暂时安静下来了。因为《变脸要去外景地拍摄“校园劫持案”这个情节，因此全体剧组人员早早去了内华达州一个较偏僻的小学作为外景地拍摄。原本的明斯克校园劫案是有学生死亡的，但是秉着好莱坞电影不许死小孩和狗的潜规则，杰德只好将牺牲的普通人改成了校工和bi特工。
虽然杰德很清楚后世主要的冲突都是因为宗教矛盾而导致，但是杰德可不敢真的在剧本里这样写，要不然不仅会导致各教派的抗议，还会给自己惹上“宗教歧视”的问题，最重要的是不晓得会不会真的将宗教狂热份子给惹出来带给自己麻烦。所以杰德还是将所有的罪魁祸首定义为一个和美国有政治意识形态冲突的组织。
今天要在零号摄影棚开拍的第一个场景就是k探员和d探员在美墨边境追捕一个外星逃犯的场景，同时也要制作这部电影的片头。《黑衣人1的片头堪称经典，通过昆虫的视角时而展示地球时而暂时天空，充分暗示了这是一部科幻外星题材电影，而且反面主角还是一只昆虫实际上是蟑螂。
别看这个片头看上去很简单，但是要从昆虫角度去拍摄世界，那么镜头的变化就必须真实而且符合实际。为了研究拍摄轨迹，杰德还特意从南加大请来昆虫学家研究了飞行类昆虫的飞行轨迹，然后就是和摄影师讨论如何实现这个拍摄。最后杰德和摄影师讨论出来的结果是采用机械拍摄结合虚拟场景的方式来制作这个片头，这短短几分钟的片头可是让杰德、摄影师和工业光魔的工作人员忙活了好几天才完成。
k探员和d探员追捕外星逃犯的美墨边境其实就是在零号摄影棚内，除了搭建的场景之外，就是绿幕背景。琼斯听说银河电影使用的绿幕技术是全好莱坞最先进的，所以还特意观察了银河电影的绿幕设置。首先银河电影采用的绿幕背景并不是一整块，它只需要在有摄影机拍摄的地方放上绿幕即可，因此每块绿幕的摆放方式和尺寸其实都是有设计过的，成本相较于一整块绿幕要节省许多。然后最重要的是绿幕并不是在摄影棚里实时成像，而是要后期去逐步成像，用公司的话说就是要让虚拟背景去适应真实场景的变化，而不是反过来，否则演员拍摄起来感觉别扭，摄影师也会在拍摄的时候无所适从，最后的结果就是出来的效果非常虚假。但是银河电影的绿幕技术却是虚拟场景去适应真实场景，因此临场感就非常强了。可惜这份技术是银河电影的独一份，除了福克斯、派拉蒙和梦工厂还能凭借和杰德的关系得到技术支持之外，其余电影公司都只能眼巴巴地望着而已。
在这次美墨追捕外星人的行动中，由于d探员的失误不仅导致他自己身处危险，也导致外星人的秘密差点被普通人知晓。在d探员的不断自责当中，k探员惟有叹息着抹掉了自己搭档的记忆，让他好好地当一个普通人。这段戏其实并没有太多的技术含量，除了那个外星逃犯采用了真实玩偶和虚拟动作相结合的技术之外，其余都是很常用的拍摄手法，大家都不是新人，所以基本上都是一次就过，所以仅仅半天就完成了第一个场景的拍摄。看到拍摄进度如此顺利，杰德倒是很高兴的。因为美国拍摄电影是不允许加班的，所以一旦拍摄进度出现延迟，那么上映档期就一定会延迟，这其实是很伤电影公司的。