在北宋徽宗统治的那个年代，浙江桐乡县有一位名为来本如的书生。他自幼孤苦伶仃，父母早早离世，年届二十余岁仍未婚配。虽然家境贫寒，来本如却饱读诗书，才华横溢，尤擅长诗词歌赋，俊朗的外表和出众的气质深受邻里赞誉。然而，尽管满腹经纶，来本如却未能在科考上取得任何功名，迫于生计，他只得在本村的一位财主水鉴家中教授学问。

水鉴家有一闺女妙姑，正值豆蔻年华，十四岁的她是水鉴正妻所出，自正妻去世后，由继母封氏引荐来本如到家中担任私塾先生。当妙姑透过门缝偷瞧到来本如这位英俊少年时，心中不禁泛起喜爱之意。水鉴见来本如品行端正，且深得女儿青睐，便萌生了招他为女婿的想法。然而，来本如却婉拒了财主的好意，他坦言自己尚未取得任何功名，希望能够等到学业有成，功成名就后再考虑婚嫁之事。水鉴欣赏来本如的远大志向，因而尊重他的决定，不再强求这段姻缘。

一日，来本如进城与朋友相聚，没想到畅谈甚欢，耽误了归程，待他离开时已是暮色四合。为节省时间，来本如选择了较为僻静的近路返回。行走不到两三里，一座古老破败的庙宇映入眼帘。长途跋涉的来本如感到疲惫，便在庙门前坐下稍作歇息。正当他享受着晚风拂面时，忽闻庙内传来阵阵女子凄厉的哭泣声。好奇心驱使着他推门而入，只见昏暗的庙内有两个身形魁梧的和尚，正对一名年轻妇人施以暴行。

来本如惊愕之余，还未及采取行动，其中一个和尚就已经察觉到他的存在，手持一根沉重的生铁禅杖气势汹汹地扑向他。来本如见状，慌忙转身逃窜，却在慌乱间被门槛绊倒，跌落了一只红色的鞋。那和尚紧追不舍，来本如赤足狂奔，一心只想逃入附近的草丛深处。不料，慌乱中他并未留意脚下，一头栽进了草丛中隐藏的一口无护栏的深井内。和尚紧跟其后，见来本如下井，立即将禅杖插入井中猛力搅动，却始终无法触及井底，这井显然深不可测。和尚在井边停留片刻，估摸着来本如必死无疑，便悻悻地收起禅杖，返回了庙中。

而当他回到庙内，却发现那名年轻妇人已被杀害在庭院之中，他的同伙僧人也已不见踪影。和尚惊恐万分，意识到大事不妙，立刻丢下禅杖，快速逃离了庙宇，消失在茫茫夜色之中。

那个在庙中被残忍杀害的女子究竟是谁？她，就是城中那家小有名气的酒馆老板刘阿闰的妻子，周氏。周氏与阿闰因些琐事起了争执，一气之下，她决定回娘家去。娘家远在城外五六里外的乡村，周氏独自一人踏上了归途。

当周氏来到那座古老的庙宇前时，天色已晚，四周一片寂静。不料，她却在庙门口遇到了两个胖乎乎的和尚。这两个和尚一见周氏年轻貌美，又是孤身一人，眼中便露出了贪婪与邪恶的光芒。他们毫不犹豫地将周氏拽入庙内，准备对她行不轨之事。

就在两个和尚即将逞凶之际，一个名叫来本如的人闯入了山门。一个和尚手持禅杖冲向来本如，试图阻止他；而另一个和尚则强行将周氏拖入庙的深处。周氏在庙中惊恐地叫唤着，声音在空旷的庙宇中回荡。和尚们担心被人听见，引来麻烦，于是其中一个和尚一时冲动，拔出刀来，狠心地结束了周氏的生命。

杀人的和尚没有等待同伴回来，他害怕被追究责任，于是选择了独自逃命。而周氏的悲惨遭遇，就这样被永远地留在了那座古老的庙宇之中，成为了一个未解的谜团。

另一边，自从阿闰与妻子周氏因琐事争吵，周氏一气之下离家出走后，邻居们纷纷劝说阿闰赶紧去追。毕竟天色已晚，周氏一个人回不到娘家，而且一个年轻女子独自在路上行走，实在太过危险。阿闰在邻居们的苦劝下，终于下定决心，跟着他们一路追寻而来。

当他们来到那座古庙前时，突然发现庙门槛附近有一只鲜艳的红鞋。众人心中一紧，感觉事有蹊跷，便捡起红鞋仔细查看。当他们推开门走进庙内时，眼前的景象让他们惊呆了——周氏满身血污，一丝不挂地躺在地上，已经没有了生命气息。

阿闰和邻居们上前仔细辨认，确认死者正是他的妻子周氏。阿闰瞬间呆住了，仿佛被雷击中一般，站在那里一动不动。邻居们手中紧握着那只红鞋，心中已经有了判断——杀死周氏的凶手，很可能就是穿这只红鞋的人。而且，这个人肯定还没逃远，只要马上去追，或许还能抓住他。

于是，众人一哄而散，纷纷冲出庙门去追捕那个穿红鞋的凶手。然而，追了不到半里路，他们却隐隐约约听到有人喊救命的声音。众人循声找去，发现声音竟是从一处草丛中的枯井里传出来的。

他们赶紧揭开井口的盖子，用搭膊拴成绳子下到井里。在井底，他们发现了奄奄一息的来本如。看到绳子落下来，他拼尽全力抓住绳子往上爬。众人齐心协力，很快就将他从枯井中拉了出来。

此刻，众人心中充满了疑惑和不安——这个来本如究竟是谁？他和周氏的死有什么关系？穿红鞋的凶手又究竟去了哪里？这些谜团仿佛一道道阴影，笼罩在每个人的心头，让他们不禁感到一阵莫名的恐惧。

胡县令话音一落，随即命令手下准备动用重刑。两班衙役早已严阵以待，他们一听到县令的命令“打！”，便毫不留情地挥起板子，狠狠地朝来本如身上砸去。来本如痛得撕心裂肺，浑身的骨头仿佛都被打散了一般，最终承受不住酷刑的折磨，昏死过去。但衙役们并未就此罢休，他们用冷水将来本如浇醒，接着又是一轮残酷的拷打。

经过几番残酷的折磨，来本如终于无法再忍受下去，他心理防线崩溃，只能无奈地承认是自己加害并杀死了周氏。

胡县令见来本如已经招供，便毫不犹豫地判了他死罪，将他打入大牢之中。此事迅速在城内外传开，引起了轩然大波。水员外听到来本如因杀人被关押的消息后，心中充满了惊讶和不解。他一直认为来本如是个诚实可靠、风度翩翩的君子，怎么可能做出如此伤天害理的事情呢？

怀着满腹疑惑，水员外亲自来到狱中探望来本如。在狱中，来本如将整件事情的前因后果一五一十地告诉了水员外。水员外听完之后，对来本如的遭遇深感同情，并安慰他一番。同时，他还表示会尽力想办法帮助来本如洗清冤屈，将他从牢狱中救出来。

时光荏苒，转眼已是三年过去。来本如在这阴暗潮湿的牢狱中度过了漫长的岁月，而水员外则不惜一切代价，为他四处奔走，打点关系，只为保全他的性命。若非水员外的全力相助，来本如恐怕早已命丧黄泉。

此时，江南地区方腊作乱，朝廷派出了张叔夜作为招讨使，带领梁山降将前去征讨。方腊在接连的败仗中，不得不放弃江南，带着残兵败将逃往浙江。浙江当地的官府衙门纷纷逃离，牢房中的犯人也都趁机逃走，空无一人。

张叔夜抵达桐乡后，方腊的军队继续败退。他检查了桐乡的大牢，发现里面的犯人几乎都已逃走，唯独一个书生还静静地呆在牢房里。这个坚守在牢中的书生，正是来本如。张叔夜好奇地询问来本如究竟犯了何罪，又为何不趁机逃走。来本如坦然地将自己的遭遇说出，并表示自己宁愿一死，也不愿成为和乱民一样的逃犯。

张叔夜听后深感来本如是个有骨气的正人君子，于是他将来本如的案卷找来仔细查看。经过一番审视，他发现了其中的疑点。如果来本如真的祸害并杀死了周氏，那么他何必还要留下红鞋作为把柄呢？再者，来本如失足掉入井中，如果鞋子丢失，也应该是在井边，而不是远在庙门口。这些疑点让张叔夜断定，来本如是被冤枉的。

于是，张叔夜做主，将来本如赦免无罪，让他重获自由。来本如感激涕零，终于走出了这个困住他三年的牢狱，重新开始了他的生活。

来本如终于洗清了冤屈，正要向张叔夜拜辞离去。然而，张叔夜见来本如仪表堂堂，言谈举止间流露出不凡的韬略与文化底蕴，心中不禁暗自赞赏。经过一番思量，他决定留下这位才华横溢的年轻人作为自己的参谋。

此时江南战乱未平，来本如的家园也早已化为一片废墟，无家可归的他感激张叔夜的收留，便留在了军中。两人正在交谈之际，一名军校匆匆前来禀报，称在府衙后堂发现了数百名年轻女子，她们都是方腊撤军后留下的。张叔夜心中一沉，他知道这些女子都是被掳来的无辜民女，当即下令军校将她们全部释放回家。

军校们开始逐一点名释放这些女子，当点到一半时，突然一个女子从人群中走出，大声呼喊着来本如的名字。来本如仔细一看，惊喜地发现这位女子正是水员外的小妾封氏。当初正是封氏介绍他来水员外家当教书先生的，两人因此结下了深厚的情谊。

来本如连忙上前询问封氏为何会流落到这里，封氏含泪讲述了战乱后她与水员外一家避难的遭遇。原来他们在途中被方腊的士兵冲散，封氏不幸被掳走。如今她也不知道水员外和其他家人的下落。来本如心中焦急，忙问封氏那个尼姑庵的具体位置，封氏告诉他就在五十里外的水月庵。

来本如立刻请求张叔夜帮忙寻找水员外一家，张叔夜立刻派出一队精兵前往水月庵。同时，他将封氏暂时安顿在县衙的房间里，等待家人的消息。不久后，精兵们找到了水员外一家并将他们带回了县衙。水员外对来本如的救命之恩感激不已，当场决定将女儿妙姑许配给他。

张叔夜也为两人的结合感到高兴，他慷慨地出资二百两彩金和二十端彩币作为聘礼，并约定在大军凯旋之日让来本如和妙姑成亲。不久之后，在张叔夜和来本如的共同努力下，他们成功设伏活捉了方腊，荡平了方腊本部。大军凯旋而归，张叔夜因立下大功被升为枢密院正使，而来本如作为参谋也被赐进士及第并升为广东监察御史。

功成名就的来本如终于回到了故乡与妙姑成亲。此时的他已经二十四岁，而妙姑也已经出落得亭亭玉立，年方十七。两人的婚礼在乡亲们的祝福中隆重举行，来本如终于找到了属于自己的幸福归宿。