此后，大蛇丸加入了晓组织，弄死好几代搭档后与后来加入的宇智波鼬成了搭档，他对宇智波一族的写轮眼从未放弃过研究，更是在见过鼬施展万花筒写轮眼的时候兴趣大生，大蛇丸认为永生的秘密或许可以在写轮眼中得到。

他想抢走鼬的眼睛，而鼬只是一个眼神就让他落败。

可这并没有让大蛇丸灰心，反倒是对写轮眼的渴望更加迫切。

之后，大蛇丸对秽土转生的研究完成，他叛逃了晓组织开始在全世界寻找强大的尸体。

更是在中忍考试的时候发动木叶崩溃计划，他来此只有一个目的，让自己的老师猿飞日斩为保护木叶而死，再顺手带走鼬的弟弟佐助。

可大蛇丸没想到猿飞日斩竟然封印了他的双手，使得他无法结印。

被音忍四人众带走时，大蛇丸回头看了眼倒在废墟中的猿飞日斩，在心中与他告别。

一路逃到终结谷，在这里大蛇丸发现了宇智波斑的尸体。

随后，晓组织的蝎找上门来，让他参与开发一种毒药，据蝎说这毒来自神灵，大蛇丸从这些毒液中见识到了无与伦比的活力，这比写轮眼更让他着迷。

研究刚完成的毒液在风之国传播，短短数月就差点将风之国灭绝，大蛇丸其实是故意造出这种病毒，他的目的就是引诱纲手出来，两人在一同研究。

事情发展如他所料，并与纲手创造了第一代的基因觉醒药剂，也称返祖药剂，这种药剂能让血脉之力得到开发，但失败率无限接近于零。

有了觉醒药剂，大蛇丸开始疯狂研究人体基因，并克隆出大量的宇智波斑实验体，数量接近十六万，在这些实验体上大蛇丸成功得到了一个完美的实验体，她生来就有万花筒写轮眼，大蛇丸直接入住这具身体，并利用万花筒的力量吸收剩余实验体的眼睛后开启了永恒万花筒写轮眼。

这就是大蛇丸变成女人的缘由。

可她的永生夙愿还没有完成，而且他知道写轮眼之上还有更完美的轮回眼，因此大蛇丸主动接应宇智波带土，获取白绝从中提取出千手细胞，在利用千手细胞与宇智波斑的基因想要制造出生命力强大的克隆体，可结果是没有一个成功。

在她茫然之际，她突然想到胎生，她又开始了惨无人道的实验，失败几万次后，她明白了，DNA会排斥，所以她将目光放在了拥有宇智波血脉的佐助身上。

大蛇丸利用宇智波斑与千手细胞，在佐助的腹中孕育出一个胎儿，她终于成功了，可这胎儿一直在吸收佐助的生命，怕佐助死了，没有人帮她实验了，她就将这胎儿从佐助体内取出，放在温室里以无辜人的血肉来供养。

胎儿成熟后是个女孩，她长相极其精致，宛若洋娃娃，还拥有一双摄人心魄的金色轮回眼。

这女孩叫她妈妈，大蛇丸温柔的取走了女孩的眼睛后在她耳边留下一句话，便将实验室炸毁，没有一块碎石落在女孩的身上。

获得轮回眼的她能看到自然，阴阳，的力量。

她继续研究，在研究白绝时她猜到了晓组织的真正目的，复活神树。

为了永生，她渴求神树的力量，于是，她用自己进行实验，在注入大量白绝的细胞后终于在体内获得了一根脆弱的树枝。

树枝吸收白绝的生命力后开始成长，直到大蛇丸装不下它，这才选择彻底将自己与树枝融合，两者成为一体后，树枝变成了金色，还拥有轮回眼的能力。

成为神树后大蛇丸看到了自然的规律，以及一些星球的法则，她在万千法则中终于见到了生命的秩序，为此，她兴奋的颤抖。

她想要掌控法则，改写法则，而办法只有一个就是与星球同为一体，而神树就有这个能力，她开始渴望长大，可如今的树苗弱小无比，她也不敢出面，只得让下属打工抓来猎物供她吸收，更是用言语说动了两个实力强大的打工仔。

不过，她需要更多的食物才能成熟，特别是尾兽，吃掉六尾的时候，她居然得到了饱腹感，于是她盯上了晓组织的神树。

在月之眼计划启动的时候，她就已经从基地来到了沙漠，血祭两个衷心下属释放出无解瞳术，牵制宇智波斑。

正在她准备吸收神树的时候被日向雏田阻止，只能亲眼看着无限月读发动成功，不过，无限月读发动后，更美味的食物出现了！